Die ersten Erwähnungen Elchingens reichen weit zurück. So wird die Gründung des Oberelchinger Klosters auf den Beginn des 12. Jahrhunderts datiert. Durch verschiedene Brände in den Jahren 1395, 1430 und 1469 wurden jedoch alle Originaldokumente vernichtet, so dass das Datum der Weihe, welche am 15. August 1128 vermutet wird, nicht bewiesen werden kann.
Im Jahre 1294 verkaufte Konrad von Plochingen das heutige Unterelchingen an das Zisterzienserkloster Salem, in dessen Besitz Unterelchingen bis zur Säkularisation 1802 blieb. Unterelchingen gehörte somit nie dem Oberelchinger Kloster an.
Mit dem Reichsdeputationshauptschluss 1803 gingen Oberelchingen, Unterelchingen und Thalfingen an Bayern.
Bekannt wurde Elchingen durch die Schlacht von Elchingen im Rahmen der Napoleonischen Kriege:
Die Schlacht von Elchingen am 14. Oktober 1805 war der Beginn des dritten Koalitionskriegs zwischen Napoléon Bonapartes Frankreich einerseits und der Koalition aus England, Russland und Österreich andererseits.
Am 14. Oktober 1805 besiegten Napoleons Truppen unter dem Kommando von Marschall Ney ein österreichisches Heer, was die Niederlage der österreichischen Armee einleitete. Tags darauf begann die Belagerung Ulms, wo Karl Mack von Leiberich schließlich kapitulieren musste. Marschall Ney bekam 1806 von Napoleon den Titel Duc d'Elchingen verliehen. Der Ortsname Elchingen ist aufgrund dessen auf der Innenseite des Arc de Triomphe (Triumphbogen) in Paris zu finden.
Der Sieg in Elchingen markierte den Anfang vom Ende des Heiligen Römischen Reichs. 1806 legte Franz II. auf Druck Bonapartes die Krone des Heiligen Römischen Reichs nieder, was dem Ende des Reiches gleich kam.
Für die Region bedeutete der napoleonische Sieg die Beendigung der Vorherrschaft Österreichs und der freien Reichsstadt Ulm und in der Folge eine Gebietsneuordnung von Württemberg und Bayern.
